כשההפקה של הסרט הראשון הגיעה לסיומה, היוצרים חשבו על רעיון לקידום מכירות. הסרט, שאמור היה להיות מוצג בבתי הקולנוע ביפן, יציג את הדמות של מיוטו, יצור שמגיע להכרה, שובר את הזכוכית שהוא נמצא בה, לומד שהוא נוצר על ידי שיבוט מהדנא של הפוקימון המיתי – מיו, ומעניש את ד"ר פוג'י ואת שאר המדענים שאחראים למעשה בריאתו, ורוצח אותם.
אבל מה קרה לפני כן? מאיפה הגיע הדנא של מיו? למה פוג'י החליט ליצור מפלצת כזו חזקה? איך ג'ובאני, הבוס של צוות רוקט, קשור לכל זה? למה הפוקימון הפך להיות כזה אכזר?
באפריל 1998, טושיהירו אונו הגיש בקשה ליצור מנגה מקדימה על לידתו של מיוטו, ניתן לו מידע מסוים אודות הסרט, ומלבד זה ניתן לו חופש יצירתי מלא. הוא יצר מנגה שנקראה "מיוטו מכה שנית" (שם מבלבל מאחר וזה אירועים שקדמו לסרט), היא הושלמה בסוף מאי ושוחררה ב15.7.1998 במסגרת מגזין קורו קורו.
הסיפור מגולל את המקור של מיוטו; מסתבר שצוות רוקט שלח משלחת לדרום אמריקה, שם הם מצליחים למצוא מדען שקהילת המדענים ראתה כמוקצה ובזוי. אך אותו מדען הצליח להתיידד עם הפוקימון מיו. במהלך ההיכרות של צוות רוקט והמדען, הוא מתחבט בשאלה האם ללכת אחרי לבו הטהור, או שמא לשתף פעולה עם צוות רוקט ובכך להוכיח את הטענות המחקריות שלו, אלה שהביאו אותו למצב שהוא נמצא בו בקהילת המדענים.
המדען קיבל משימה – ליצור גרסה אפלה, חזקה ומשופרת של מיו. כאשר הניסוי הפך להיות מורכב יותר ומסובך יותר, מיו עזב את המדען. באותו שלב המדען מבין שלא משנה מה הוא ימציא, אותו דבר יהפוך להיות סוג של עבד לצרכיו של צוות רוקט. הוא מורה על מיוטו להרוס את המתקן ואת כל מי שבתוכו, גם אם זה אומר שהוא בעצמו ימות. לאחר מכן, מיוטו חושב על נסיבות הקיום שלו, ואיך הוא נוצר מכל הסיבות השליליות, בזמן שהוא חיכה למאמנים הנבחרים שיגיעו לאי.
בזמן שאונו עבד על המנגה, נוצרה עוד גרסה של הסיפור המקדים של מיוטו. טאקשי שודו, הכותב של הסרט, כתב סיפור מקדים משלו, למרות שאונו כבר קיבל את האישור לעשות את זה. הגרסה של שודו נקראה "לידתו של מיוטו", והיא יצאה בגרסת דרמת אודיו, ששוחררה ב5 חלקים ברדיו יפני בשם Inuyama Inuko's Pokémon Hour. גרסה זו פורסמה בשבועות שקדמו ליציאת הסרט באקרנים.
בגרסת הדרמת אודיו, צוות רוקט רצו ללכוד את פוקימון הפאנטום – מיו, הפוקימון הנדיר והחזק ביותר מכולם, ועל מנת לעשות זאת, הם שלחו את הבוסית של צוות רוקט – מאדאם בוס (אמא של ג'ובאני) ואת אחת החיילות היותר מבריקות של הצוות – מיאמוטו (אמא של ג'סי). במהלך הניסיון שלהם ללכוד את הפוקימון, מאדאם בוס שולחת את מיאומוטו למצוא את מיו באמריקה הדרומית, שם היא רואה את הפוקימון מיו, אבל היא לא מצליחה ללכוד אותו.
מאוחר יותר, לאחר שנים רבות, משלחת נוספת מוצאת שערה של הפוקימון מיו, וצוות רוקט – שכעת נמצא תחת ניהולו של ג'ובאני – לוקח את הממצא לידיו, פונה אל ד"ר פוג'י ואומר לו ליצור שכפול של מיו. פוג'י מסכים, אבל יש לו מניע סודי – ליצור שיבוט של הילדה שלו, שנפטרה, ושמה AI. החיבור בין מיוטו לAI נותן לילדה את כוח החיים שהיא צריכה כדי לשרוד במבחנה שלה, וכך הם גדלים זה לצד זה. עם הזמן, הפוקימון והילדה המשובטת הופכים לחברים, אבל בסופו של דבר, השיבוט האנושי לא מצליח, הילדה מתה והניסוי נכשל.
מיוטו הרוס מהמוות של חברתו הקרובה, וכאשר פוג'י מדבר על יצירת עוד עותק של הילדה, מיוטו נגעל ממנו. המדענים רואים את תגובתו של מיוטו, מחליטים להרדים אותו על מנת שהוא לא יתערב בניסוי. דבר זה בעצם מוחק למיוטו את הזיכרון אודות הילדה. מאוחר יותר, כאשר הוא מציית להוראותיו של ג'ובאני, הוא מאמין שהוא הפוקימון הכי חזק אי פעם, כזה שמעולם לא היה צריך להיות חלש ולבכות.
היוצר שודו מעולם לא דיבר אל ילדים בצורה מתנשאת, וחלק מהדברים שנוצרו בדרמת האודיו היו אפלים מאוד לקהל יעד צעיר. אחד מהם זה כאשר AI ומיוטו היו מודעים לכך שהם רק שיבוטים והם היו צוחקים על זה וממציאים על זה שירים. הם דיברו על כך שהם רוצים עוגה וחלב, אבל הם לא יכולים לקבל את זה מאחר והם תקועים בתוך צינורות ומבחנות.
הסיפור אודות לידתו של מיוטו היה קריטי. באותם זמנים, צוות האנימה היה עסוק כולו בתקרית פוריגון, אשר הביאה ילדים בכל רחבי יפן לחטוף התקפי אפילפסיה, והתוכנית המרכזית נשארה במצב המתנה. אז שודו נשאר ללא השגחה והוא יכל לעשות בערך כל מה שהוא רוצה. לא פלא שהסיפור של מיוטו הפך להיות כזה אפל. זה גם לא מפליא שהוא כתב משהו למרות שאדם אחר קיבל את הרשות לעשות זאת עוד לפניו.
בתאריך 12.2.1999 יצא המארז של "לידתו של מיוטו" ביחד עם חוברת אמנות נלוות. באותו יום, הסרט "מיוטו מכה שנית" יצא בגרסת הוידאו ביפן, בתור הגרסה המלאה, וכלל גם את הלידה של מיוטו בגרסת האנימה.
מחוץ ליפן הסיפור היה אחר וחברת 4Kids סירבה לפרסם את הסיפור של לידתו של מיוטו וחתכה אותו מהסרט, כך שדבר זה לא פורסם מחוץ ליפן.
הנה חוברת האמנות:
