הפיתוח על משחקי XY התחיל עוד ב2010. המנהל ג'וניצ'י מאסודה תיאר שלושה נושאים מרכזיים למשחקים: יופי, קשרים והתפתחות. יופי היה הפוקוס המרכזי ומאסודה החשיב את צרפת כדוגמה מושלמת לכך. הוא שלח את הצוותים על מנת שילמדו את המקום ב2011. כתוצאה מכך, פרחים נשתלו בהרבה דרכים עבור האפקט הויזואלי, והיו כמה מפגשים מיוחדים בתוכם, מה שלא נעשה קודם לכן במשחקי פוקימון. המחוז התהדר עם עיצוב צרפתי ותרבות אירופאית. לדוגמה, המקור לפוקימונים האגדיים איבלטל, זרניאס וזיגארד הגיע מהמיתולוגיה הנורדית. דגש נוסף ניתן לפוקימונים והאלמנטים השונים שלהם במשחק. השם XY הגיע מהגרפים של גאומטריה, מה שהציג צורת חשיבה שונה. פשטות השמות גם נלקחה בחשבון, משום שמשחקים אלה הוצגו בו זמנית בכל העולם, דבר אשר העניק לפוקימונים שמות זהים לא משנה באיזו שפה מדובר. לפי מאסודה, זה היה אתגר משום שכעת על הצוות למצוא שמות שיתאימו למראה החיצוני ולא יתקלו בבעיות בזכויות יוצרים.
אחד השינויים הגדולים היה בעיצוב, כאשר המשחקים עברו משני מימדים לתלת מימד. זה הצריך צוות גדול יותר, עם יותר מ500 אנשים שמעורבים בפרויקט. הדגש היה לשמר את המראה האייקוני של קן סוגימורי, שעיצב פוקימונים עוד מ1996.
לבקשת מאסודה, האותיות XY עיטרו את הכותרים של המשחקים. ולמרות שבדרך כלל זה היה סוגימורי שעיצב את האגדיים, הפעם הוא ביקש את עזרתו של יוסוקה אוהמורה בעיצוב איבלטל וזרניאס. התהליך הזה ארך 18 חודשים, פי 3 יותר מהרגיל, ואפילו המאייר היטושי אריגה מהמנגה נקרא לדגל על מנת לעזור והוא זה שבסוף חתום על 10 עיצובים במשחק הגמור.
