בשונה ממשחקים אחרים בסדרה, הפעם המשחק מתחיל בשיחת וידאו מפרופסור קוקואי אל השחקן. מסתבר שהוא עזר להכין דרכון לשחקן לפני שהוא ואמא שלו עוברים ממחוז קנטו לאלולה. בינתיים, נראה שילדה צעירה בורחת מהמעבדה עם פוקימון בלתי ניתן לזיהוי בתוך התיק שלה. עובדי המקום מגלים את זה וסוגרים עליה, אבל הפוקימון משתגר מהמקום לאיזור מבטחים.
שלושה חודשים לאחר מכן, אמא של השחקן, השחקן ומיאו, נהנים מהבית החדש שלהם באי מלמלה. פרופסור קוקואי נכנס לבית במטרה לקחת את השחקן לפגוש את הקאהונה של האי בעיר איקי, ולקבל את הפוקימון ההתחלתי שלהם. כשהם מגיעים לאי, הקאהונה לא נמצא, אז קוקואי שולח את השחקן לנתיב מהאלו, במטרה שימצאו את הקאהונה. שם, השחקן מוצא את הילדה עם הפוקימון המסתורי על גשר מיתרים.
הפוקימון שנמצא בתיק של הילדה בורח ושמח מהחופש שניתן לו, כשלפתע קבוצה של ספירו תוקפים אותו. הילדה מבקשת מהשחקן לעזור לפוקימון המסתורי, שאותו היא מכנה "נבי". השחקן רץ לעבר הספירו ללא שום פוקימון ומגן עליו בידיו, ולאחר מכן נבי משתמש בכוחות שלו לפוצץ את הגשר. השחקן ונבי נופלים אל התהום והפוקימון האגדי טאפו קוקו מגיע ומציל אותם. מאושרת מכך שנבי בטוח, הילדה נותנת לשחקן אבן מנצנצת.
כולם חוזרים לעיר איקי, וקוקואי מציג את הילדה בתור עוזרת המעבדה שלו – לילי. בשלב הזה הקאהונה של האי, האלה, חוזר מסידורים. לילי משתפת כיצד השחקן עזר להציל את נבי, זה מרגש את האלה, והוא מחליט לתת לשחקן את האופציה לבחור את אחד מהפוקימונים הבאים בתור פוקימון התחלתי: ראולט, ליטן ופופליו. אחרי טקס קצר, קוקואי נותן לשחקן פוקידע חדש, ושולח את השחקן להראות את הפוקימון לאמא שלו.
הנכד של האלה, האו, מגיע לעיר ומאתגר את השחקן לקרב פוקימונים. יש לו את הפתרון עם החסרון הסוגי לשחקן. אחרי הקרב, האלה לוקח את האבן המנצנצת ומזמין את השחקן לפסטיבל גדול, שיערך יום למחרת. כשהבוקר מגיע, קוקואי עוצר את השחקן ולוקח אותו לדרך מספר 1, שם הוא מלמד אותו איך לתפוס פוקימונים ואומר לו להתאמן לפני הפסטיבל.
הפסטיבל נערך וקוקואי והאלה חושפים שזה נערך לכבוד הפוקימונים השומרים באלולה. האו והשחקן עורכים קרב נוסף, בזמן שכל העיר צופה. אחרי שטאפו קוקו מאשר את הקרב, האלה מחזיר לשחקן את האבן המנצנצת, שעכשיו הפכה להיות טבעת זי. הוא מסביר לשחקן שבאמצעות הטבעת הוא יוכל להשתמש בקריסטלי זי, שניתן להשיג באתגרי האי השונים, ועל השחקן להגיע לכל ארבעת האיים, להשלים את המשימות ולהפוך להיות אלוף האתגרים של האי. אחרי זה, השחקן חוזר לבית שלו ומתכונן ליום שלמחרת.
בבוקר, השחקן פוגש את לילי והם הולכים לבקר את המעבדה של קוקואי, שם הוא מעדכן את הפוקידע של השחקן והופך אותו לרוטום פוקידע. הוא גם מסביר יותר על אתגרי האי, שכוללים מבחנים שמנוהלים על ידי הקאהונות. אבל לפני שהוא יוכל לגשת לזה, עליו לגשת לבית ספר וללמוד את הבסיס. למרבה המזל, השחקן מצליח לעמוד במשימות של אילמה, ואז הוא ממשיך למבחן שלו במערת ורדאנט. אחרי הפסד, אילמה מזמין את השחקן להגיע לעיר האו-אולי, אחרי אימון נוסף.
כאשר השחקן לבסוף נפגש עם אילמה, שני חברי צוות גולגולת מגיעים ומאיימים עליו. השחקן ואילמה מטפלים בהם, ואז נערך קרב נוסף בין השחקן לאילמה. אחרי הקרב, הוא מזמין אותו לקחת את המבחן הרשמי שלו, וגם שם חברי צוות גולגולת מופיעים ומנסים להפריע. על השחקן להביס אותם ולהשלים את המבחן. לאחר מכן, מגיע פוקימון הטוטם, גאמשוס או רטיקייט אלולה (תלוי בגרסה) והם נלחמים בשחקן. אחרי שמביסים את הטוטם, המבחן נגמר.
בשלב הזה, השחקן מגלה שלילי הלכה לאיבוד, השחקן הולך לדרך מספר 3 ואז לאחו מלמלה, שם הוא מוצא אותה. לילי נמצאת שם, אבל נבי הולך לאיבוד, ועל השחקן למצוא אותו. אחרי שהשחקן מוצא אותו ומחזיר אותו ללילי, הוא מתקבל על ידי האו וקוקואי, והאו מספר שהוא עבר את המבחן הראשון שלו, וקוקואי שולח אותם לעיר איקי למבחן הגדול הראשון שלהם מול הקאהונה האלה.
אחרי שמנצחים את האלה, מקבלים קריסטל זי וביפר של רכיבה, לקרוא לפוקימונים כמו טאורוס, עליהם ניתן לרכב ברחבי אלולה. אחרי זה, השחקן צריך להגיע לאי הבא, אקאלה. שם, על השחקן לעבור את המבחנים של לאנה, קיאווה ומאלו, לפני שהוא פוגש את הקאהונה, אוליביה. גם שם השחקן פוגש את צוות גולגולת, ביניהם את גלאדיון, מאמן פוקימונים שמחזיק בפוקימון בשם "טייפ: נול", לצד האפו, מאמנת שמטיילת במחוז על מאדסדייל שלה. אחרי שמנצחים את הקאהונה, אדם בשם פאבה מזמין את השחקן ואת האו לאת'ר פרדייז.
כשמגיעים לשם, פוגשים את הארגון ואת המנהלת שלו, לוסאמין, שמציגה את הארגון שלה כגן עדן לפוקימונים שעברו התעללות. במהלך המפגש איתה, מגיע יצור מוזר מהחלל החיצון, ותוקף את השחקן. לאחר שמביסים אותו, הוא בורח בחזרה לעולם שלו. לוסאמין מביעה עניין ביצור הזה ושולחת את השחקן ואת האו לאי אולה-אולה, להשלמת מבחן האי שלהם.
על האי, על השחקן לעבור את המבחנים של סופוקלס ואייסרולה, ובמהלך העניינים שם, השחקן לומד שליגת הפוקימונים נמצאת בבנייה ובכוונתו לאתגר את הליגה בשנייה שהוא יסיים את כל האתגרים שלו. לאחר מכן, השחקן פוגש את מנהיג צוות גולגולת, גוזמה בעיר פה. אחרי שמנצחים את צוות גולגולת, נאנו ואייסרולה מודים לשחקן על חילוץ יאנגוס גנוב, ושולחים אותו לבית את'ר.
שם, האו מספר לשחקן שפלומריה, אדמינית בצוות גולגולת, חטפה את לילי ונבי. גלאדיון שומע את השיחה ודורש מהאו ומהשחקן להצטרף במטרה להציל את לילי. השלושה מתכוונים לעזוב, נאנו מאתגר את השחקן לעבור את מבחן האי שלו. אחרי שמשלימים את המבחן, הוא נותן קריסטל זי. לאחר מכן, השחקן, האו וגלאדיון יוצאים לעבר את'ר פרדייז.
במקום, עובדי המקום תוקפים את השלושה, עד שמגיעים לפאבה, שגם רומז שמשהו לא בסדר קורה במקום. אחרי קרב מול פאבה, הוא אומר שעליהם להגיע למרתף, מה שמתגלה להיות מלכודת. לאחר גילוי העניין, פאבה מביא תגבורת להילחם נגד השלושה, ו-העובדת ויקה אומרת להם שלילי נמצאת עם המנהלת, אבל יהיה קשה להגיע אליהם. פאבה עושה אמבוש על השלושה, אבל אחרי שמנצחים אותו, מגיעים למשרד של המנהלת.
השלושה רואים את צוות גולגולת והם נלחמים מולם, מנצחים אותם ואז פוגשים את לוסאמין ואת לילי. במפגש הזה, השחקן מזהה צד אפל אצל לוסאמין ומסתבר שנבי הולך להיות קורבן על מנת לזמן בחזרה את החייה המוזרה ממקודם. לילי מנסה לפנות אל ההיגיון של לוסאמין, אמא שלה, אבל נכשלת. גלאדיון, שמתגלה להיות אח של לילי, אומר לאמא שלו לא לפתוח את חור האולטרה, אבל היא מתעלמת גם ממנו. היא פותחת את החור וחיות אולטרה ממלאות את אלולה. לוסאמין נעזרת בגוזמה לנסות לעצור את השחקן, האו, לילי וגלאדיון, אבל שניהם נעצרים. לפני שחור האולטרה נסגר, החיה, לוסאמין וגוזמה נלקחים לחלל החיצון.
יום למחרת, גלאדיון נותן לשחקן את החליל ירח/שמש (תלוי בגרסה), ואומר לשחקן לעבור את המבחן האחרון באי פוני. אחרי שמוצאים את האפו, מגלים שלאי אין קאהונה, אבל מסע קצר להריסות התקווה חושף את טאפו פיני שנותן את הכבוד להאפו להפוך להיות הקאהונה של המקום. האפו מדברת על הפוקימון האגדי סולגליאו או לונאלה (תלוי בגרסה), ואיך צריך להיות טקס במקדש השמש או הירח (תלוי בגרסה), שמשלב בין שני החלילים. הם יוצאים לאי אגזקיוטור על מנת למצוא את החליל השני.
אחרי שמוצאים את החפץ, חוזרים לאי פוני ולמקדש, ואז צוות גולגולת מבצע אמבוש על השחקן, במטרה שהוא יחשוף לאן נעלם גוזמה. אבל פלומריה עוצרת את הקרבות. לאחר מכן, האו מאתגר את השחקן לקרב פוקימונים, ולאחר מכן נערך המבחן הגדול בקניון פוני הגדול. אחרי שכל המבחנים עוברים, כל מה שנשאר לעשות זה לחלץ את לוסאמין וגוזמה.
השחקן ולילי מגיעים למקדש, מנגנים בחלילים שלהם, ומזמנים את הפוקימון האגדי. נבי מתפתח לסולגליאו או לונאלה (תלוי בגרסה), ועם הכוח החדש שלו, הוא פותח את חור האולטרה ולוקח את השחקן ואת לילי לחלל האולטרה. הם פוגשים את גוזמה שנמצא תחת השליטה של חיות האולטרה. ולילי מוצאת אמא שלה לוסאמין, כשזו ממוזגת עם חיית האולטרה ניהילגו, ועל השחקן להילחם בהם ולהציל את המצב.
לאחר מכן, נבי רוצה לחזור ללילי, אבל זו מציעה שהשחקן יתפוס אותו. נאנו מגיע ואומר שעל השחקן להילחם נגד כל ארבעת הקאהונות זה לאחר זה, כאילו הם האליט פור של ליגת הפוקימונים בהר לאנאקילה, באי אולה-אולה, ונאנו לוקח אותו על מנת להשלים את המבחן האחרון.
השחקן מגיע לליגת הפוקימונים, קוקואי מברך אותו, ועל השחקן להילחם מול האלה, אוליביה, אייסרולה וקאהילי. לאחר שמנצחים אותם, השחקן הופך להיות אלוף. קוקואי מאתגר את האלוף החדש עם קרב הגנה ראשון, ולאחר מכן, נערך פסטיבל גדול בעיר איקי, לחגוג את ההישג המרשים.
במהלך הפסטיבל, לילי לוקחת את השחקן הצידה, הם הולכים לשביל מהאלו, ומגיעים להריסות הקונפליקט, במטרה לקבל את ברכתו של טאפו קוקו. השחקן נוגע בפסל המקומי ומודה לפוקימון האגדי. לאחר מכן, טאפו קוקו מופיע ומאתגר את השחקן לקרב, ולאחריו השניים חוזרים לפסטיבל. לילי בשלב הזה מנסה לספר לשחקן מה יהיו הדברים הבאים שהיא תעשה, אבל מתחרטת ונותנת לשחקן ליהנות מהמסיבה.
יום למחרת, האו לוקח את השחקן לעיר האו-אולי, שם הם פוגשים את לילי וקוקואי לפני שהם עוזבים. מסתבר שלילי נוסעת לקנטו במטרה למצוא תרופה לאמא שלה, ולהפוך להיות מאמנת פוקימונים בזכות עצמה. היא נותנת לשחקן ולהאו מתנה לפני שהיא עוזבת, והאו בוכה. פרופסור קוקואי חולק כמה מילים עם השחקן ועם האו, ואז הם נפרדים.
אחרי שהמשחק נגמר, האו נכנס לבית של השחקן ונותן לו קריסטלי זי ואת הפוקימון ההתחלתי השלישי, זה שלא נבחר. מחוץ לבית, מגיע אדם שנותן לשחקן כרטיס מסתורי, ואז הוא נעלם. הכרטיס מתאים לחדר אורחים במוטל אקאלה, בדרך מספר 8, שם פוגשים את החוקר לוקר, את אנאבל ואת המשטרה הבינלאומית. במהלך העזרה של השחקן, הוא עוזר להתמודד עם ההשלכות של שחרור חיות האולטרה על ידי לוסאמין, וההשפעות של זה על מחוז אלולה. אחרי שחיות האולטרה נעצרות, הפוקימון המסתורי נקרוזמה מופיע בגבעת 10 קאראט, והשחקן יכול ללכוד אותו.
