חמישה נערים מתעוררים באמצע חדר כשאין להם מושג מי הם או מה המקום שהם נמצאים בו. אחרי שהחליטו על שמות לכל אחד, בלאק, אמה, ריי, אלה ולאיוס, הם מתחילים לבדוק את החדר. חיפוש קצר בחדר מגלה להם מכתב מפרופסור מסויים שמגלה להם שהם בעצם בבסיס של צוות אימפריום, צוות ששולט בעולם מהצללים כבר מאות שנים.
הפרופסור השאיר לכל אחד מהם פוקימון:
אלקיד ללאיוס.
זובאט לאמה.
סנדייל לריי.
האפיני לאלה.
לרביטר לבלאק.
החבורה יוצאת מהחדר אל בסיס הטירונים של צוות אימפריום. בזמן הבריחה, הם נלחמים נגד חייל אחד של צוות אימפריום ומנצחים אותו, אלה בעלת הלב הרך דורשת שלא יפגעו בחייל, לאחר מכן החייל מצליח להשתחרר ולחטוף את אלה, זמן קצר לאחר מכן, בלאק הורג אותו. בהמשך הם מעלפים שני חיילים אחרים ולוקחים מהם חמישה פוקימונים שהיו אצל שניהם.
גלייגר ללאיוס.
ריולו לבלאק.
גראולית' לריי.
וולפיקס אלוליאני לאלה.
סניזל לאמה.
אחרי שהשיגו את הכרטיס שמפעיל את המעלית, הם עולים לקומה העליונה של הבסיס ונתקלים בחמישה חיילים שמשתמשים בהאונדורים ותוקפים אותם. במהלך הקרב הזובאט של אמה מתפתח לגולבאט ובכוחות משותפים הם מצליחים להביס אותם. כשסוף סוף הם מגיעים ליציאה מהבסיס הם נחסמים על ידי בחור ענקי עם עור בצבע כחול, אייר.
אייר, אחד האדמינים של צוות אימפריום אומר להם שהוא כאן כדי לעצור אותם ומוציא פוליראת' כדי לטפל בהם. הקרב מאוד קשה, וברגע האחרון כשהכל נראה אבוד, האלקיד של לאיוס מתפתח לאלקטבאז ומצליח להביס את הפוקימון של אייר, אבל לא לפני שגם הוא מובס, וככה כל החבורה נשארת בלי שום יכולת להגן על עצמם. אייר מחליט להשאיר אותם בחיים בטענה שהם יתנו לו קרבות טובים בהרבה כשיפגשו בעתיד. אחרי שהחבורה יוצאת מבסיס הטירונים, הם מתקדמים לעבר העיר של השממה הגדולה.
ריי תופס גיבל בדרך.
בעיר הם מגלים שלא הכל כמו שהוא נראה ופחות או יותר כל אחד רוצה להרוג אותם, לגנוב את הרכוש שלהם או להשתמש בהם, האפיני של אלה מתפתחת בעזרת אבן עגולה בזמן השהות בעיר. ריי ואמה נלחמים על חייהם בשוק המקומי והסנדייל של ריי מתפתח, בזמן שבלאק ואלה מתמודדים נגד אחד מראשי הפשע המקומיים, רוג. לאיוס מצידו נשאר בחדר בזמן הזה ומפותה על ידי אחת העובדות בבית המלון. אחרי שבלאק מציל את אלה (בפעם השנייה…) הם מגלים מאוחר יותר באותו היום מפי העובדת של המלון שמנסים להיפטר מהם ולכן הם בורחים באישון לילה מהעיר.
בהמשך, לאיוס נתקל ברייהורן שמשום מה אוהב ללקק אותו, אמה מתעוררת בבוקר כשיש טפיג שחושב שהיא אמא שלו ואלה נופלת לתוך בור שחפר טראפינץ', שלושתם תופסים את הפוקימונים האלה ומוסיפים אותם לצוות שלהם.
בזמן שהחבורה עשתה את כל המסע הזה, זארה, חיילת של צוות אימפריום ובת חסותו של אייר, מקבלת הודעה שהיא מתארסת למנהיג הבא של צוות אימפריום ושהיא מיועדת להיות אדמינית. אבל העולם לא כל כך וורוד בשבילה כשהיא מגלה שראיין הוא חתיכת פסיכופת שנהנה מכאב של אנשים.
במהלך תהליך הלימוד שאייר עושה לזארה כדי שתלמד מה זה להיות אדמין, הם נפגשים עם רוג'ר רוטה, אחד ממשתפי הפעולה של הליגה, אחרי קרב קצר, אייר מנצח אותו בלי שום בעיה. זמן קצר לאחר מכן זארה פוגשת לראשונה את החבורה. אייר מחליט לתת להם לעבור בשער שלו ולהמשיך לחלק השני של הבסיס, היערות.
החבורה מגיעה ליערות ושם היא מגלה משומר העיר שיודע הרבה יותר ממה שנראה שהעיר רדופת רוחות בגלל קללה עתיקת שנים שנקראת "קללתו של גרג!" שתקע את ההונאדג' הזוהר שלו באחד הסלעים ביער וקילל את העיר עד שיבוא אדם הראוי לגדולה וישלוף את ההונאדג' מהאבן. אחרי שהחבורה יוצאת לחקור את היער, היא נפגשת לראשונה עם המורדים, חבורה של אנשים שחיים על צמרות העצים, הם גם רואים בפעם הראשונה את ריינאק, האדמין השני של צוות אימפריום וקוסם רב עוצמה.
אצל המורדים הם מגלים שלא הכל כמו שהוא נראה ואחרי הרבה דיבורים, בלאק מקבל את האתגר של ליי, לוחם הדיסידואיי, אחד הלוחמים החזקים ביותר של המורדים. בקרב מתגלה שבלאק פיתח מתי שהוא את לרביטר שלו לפיופיטר ויחד עם שני הפוקימונים שלו, הוא מצליח להביס את ליי ואת דסידואיי ואת נוקטאול הזוהר שלו. בכל הזמן הזה, ריי סובל מסיוטים ושומע קולות שלוחשים לו את הפחדים הכי גדולים שלו. ראש השבט, שהוא גם אבא של ליי, מציע להם להגיע ליער המיוחד שלהם ולקבל פוקימון שיוכל אולי להציל את העיר מהרוחות, הם מסרבים. הם מקבלים מראש השבט חמישה פוקדורים ויורדים מהעיר שלהם שנמצאת על העצים.
ביער לאיוס מוסיף לצוות שלו מדקיפ ובלאק תופס דרטיני.
הם חוזרים לעיר רק כדי לצפות איך בלילה ריינאק מוציא ילד לרחוב כדי שהרוחות יהרגו אותו ומאיים שאם לא יופיעו ביום למחרת ביער, הוא ימשיך להרוג ככה ילדים. מחוסר ברירה, החבורה יוצאת ביום המחרת ליער, שם ליי מוביל אותם לאבן הרוחות שם תקוע ההונאדג' של גרג והולך מהמקום.
ריינאק מגיע עם החיילים שלו ומחליט ליהנות מהמצב. הוא גורם לבלאק לגעת בניצב של ההונאדג' וככה בלאק מתרסק על הרצפה בחוסר תזוזה. בני החבורה מחליטים לשלב כוחות כדי להילחם נגד ריינאק, ריינאק אומר לחיילים שלו לא להתערב ונלחם נגדם בעזרת בישארפ והיידרייגון שלו. אחרי קרב מתיש שבו הטפיג של אמה התפתח לפיגנייט, החבורה מצליחה לנצח את הפוקימונים. בתגובה, ריינאק משתמש במגה טיירניטאר שלו ומחסל את הפוקימונים האחרונים שלהם בלי בעיה. בדיוק ברגע זה, ליי מחליט לתקוף עם עוד 20 מורדים את ריינאק. האדמין והחיילים שאיתו שלו משתלטים על המצב די מהר וריינאק הורג את כל הלוחמים שהגיעו עם ליי.
כשהכל נראה אבוד, בלאק מתעורר ומצליח לשלוף את ההונאדג' מהסלע, וביחד עם הכוחות החדשים שלו, הוא מנצח את ריינאק והחיילים שלו, וגורם לריינאק לסגת מהמקום.
החבורה מתפצלת לשניים, אלה ובלאק נלקחים על ידי המורדים בזמן שריי, אמה, לאיוס וליי נתפסים על ידי אנשי העיר ועומדים להיות מוצאים להורג על ידי הרוחות שרודפות את העיר. במהלך המעצר שלהם, ריי לא מראה שום סימן חיים ומתנהג כאילו הוא מנותק מהעולם החיצוני. כשהם קשורים ללא יכולת לברוח בכיכר העיר, הם מגלים שהרוחות לא מתייחסות אליהם בכלל ואז מגיעה רוח לבנה ומשחררת אותם כשהיא אומרת "תשמרו על הבן שלי" ומסתכלת על ריי.
בזמן הזה אלה מתוודה על תחושותיה לבלאק והוא דוחה אותה אבל הוא מבטיח לשקול את זה אחרי שיצליחו להימלט מהמקום.
כשאמה, ריי, לאיוס וליי מגיעים לעיר המורדים, הם מגלים שריי עובר מה שנקרא היסחפות, וכרגע הם לא יכולים לעזור לו ונאלצים לנטוש אותו מאחור. אמה מדוכאת במיוחד כיוון שהיה לה קשר מיוחד לריי. כמו כן, הם מגלים שראש השבט התחלף בגלל השגיאות של ליי. משום מקום מגיע רורק, אחיו של ליי, ומנצח את ראש השבט הנוכחי ולוקח את מקומו. בלאק מגלה ששומר העיר הוא בעצם גרג והוא נותן לו את הפוקדור של ההונאדג' שלו, בלאק מוריד את הקללה מהעיר וכולם חוגגים למעט החבורה.
בינתיים במפקדה, זארה מבינה עד כמה מסוכן להיות שם, היא צופה באייר נענש, וזאת לאחר שריינאק חוזר גוסס למפקדה ומגלה לכולם שאייר לא הרג אותם. הוא גם מגלה להם שבלאק שלף את ההונאדג' של גרג. באותו הרגע, זארה מחליטה שהיא תעשה הכל כדי לברוח.
בינתיים החבורה עם מצב רוח ירוד ביערות בעקבות ההשארה של ריי מאחור, אמה תופסת בזמן הזה גומי. הם מובלים לבקתה ביער על ידי רלטס רק כדי לגלות שאיש הקשר שלהם עם הפרופסור, אדגר, שוכב על הרצפה מדמם. הם מצילים אותו ואלה מוסיפה את רלטס לצוות שלה, ויחד עם ההונאדג' החדש של בלאק, הם מצליחים לטפל בכל השומרים על השער ולהיכנס לחלק השלישי של הבסיס של צוות אימפריום, אימפריום פאלס.
אדגר מוביל אותם לבית מסוים ואז בתור פעולת הסחה כדי שלא יתפסו, הוא מתאבד וגורם לכל האשמה ליפול עליו. בבית הם פוגשים את בלו ורד, שני מהמאמנים החזקים ביותר בכל העולם. אחרי קרב קצר נגד רד, הוחלט שהחבורה (פחות ריי), תישאר לאימונים קפדניים תחת בלו. במהלך האימונים בלו ורד מעניקים שני פוקימונים לכל אחד מהם:
טריקו וסווינאב לבלאק.
סטארלי ולארבסטה ללאיוס.
פיפלאפ ו-וויסמור לאמה.
טוגפי וסנייבי לאלה.
במהלך האימונים שלהם, ראיין כמעט הורג את זארה. זארה מגלה שפיראס, האדמין הרביעי של צוות אימפריום, הוא סוג של שלד קסום ואלמותי. היא גם מגלה שראיין מתכנן הפיכה כדי להפיל את אבא שלו. זארה מקבלת הצעה מהליגה להוביל את החבורה החוצה, היא מסכימה ומתחילה לשנן כל פינה במפקדה בזמן הזה. בחודשיים שעוברים מאז, כל הפוקימונים של החבורה מתחזקים ומגיעים לכוח המקסימלי שאפשר להגיע אליו. הם יוצאים מהבית של בלו אל מישהי בשם גרין, עוד מאמנת רבת עוצמה.
במהלך ההשתגרות שלהם למפקדה, אייר מגיע למקום ומשבש את השיגור ככה שרק חלק מאנשי החבורה משתגרים מהמקום וזארה משתגרת מהבסיס אליהם בטעות. אחרי שהוא מדבר עם בלו ורד ומסביר להם את המצב, אייר הולך מהמקום, משאיר את אמה בידיים של זארה ומבקש ממנה לקחת אותה לזארק, הקצין של אמבר במקום.
זארה שהיא סוג של סוכנת כפולה, מבקשת מבלו שייקח את אמה למפקדה. זארה הולכת לכיוון הבסיס המקומי, בדרך לשם, היא מספרת לאמה שהיא בצד שלהם והיא תעזור להם לברוח. היא מגיעה לבסיס וכמעט מצליחה להגיע למפקדה בעזרת מתקן השיגור, אבל ריינאק מגיע וחושף אותה. ריינאק מחליט לשרוף את כל המקום, אז מתחיל קרב בינו וזארק לבין זארה ואמה. אחרי כמה תרגילים מלוכלכים, ריינאק וזארק מנצחים בקרב, כשאמה חסרת הכרה וזארה מגנה עליה.
במשך כל הזמן הזה, ריי עובר אימונים משלו במימד אחר, אצל שלד מוזר שנקרא סאנס. סאנס מלמד אותו על העבר שלו ומלמד אותו לשלוט בכוחות שנמצאים בתוכו, ושם הוא פוגש את הרוח של אמא שלו. ריי מקבל מסאנס שני פוקימונים חדשים לצוות שלו, פרואקי וצ'רמנדר, כמו כן, במהלך האימונים שלו, הפוקימונים שלו התחזקו והתפתחו למרות שזה קרה במימד אחר, סאנס אמר לריי שיש דברים שקשורים לקסם שאי אפשר להסביר, וזה אחר מהם.
אחרי חודשיים בהם ריי היה במימד אחר לגמרי, הוא מתעורר בגוף שלו בעיר המורדים, ויחד עם ליי הוא מצליח להגיע לאימפריום פאלס. שם הוא פוגש את האבא הביולוגי שלו ולוקח ממנו פוקדור הנושא את הכינוי "פרויקט רד". ריי מגיע בדיוק ברגע האחרון בעזרת הארקניין שלו ומצליח להגן על זארה ועל אמה אהובתו.
אחרי קרב קצר בינו לבין זארק וריינאק, ריי מנצח. ריינאק שלא מוכן להפסיד, מתחיל להשתמש בכוח שלו, אבל לא יודע שגם לריי יש כוחות משלו, והמצב נגמר בזה שריי שולח את ריינאק לרוץ ברחובות כשהוא בוער באש קסומה. אמה מתעוררת ומגלה שריי שלה חזר אליה והם מתוודים על אהבתם זה לזו.
רשימת פוקימונים מאומתים:
בלאק – פיופיטר, ריולו, דאבלייד (זוהר), דרגונייר, סווינאב, טריקו.
אמה – קרובאט, סניזל, סליגו, פיגנייט, פיפלאפ, וויסמור.
אלה – צ'אנסי, ויבראבה, וולפיקס אלוליאני, קירליה, טוגפי, סנייבי.
לאיוס – אלקטאבאז, גלייגר, מארשטומפ, רייהורן, לארבסטה, סטארלי.
ריי – קרוקורוק, ארקניין, גאבייט, צ'ריזארד, פרואקי, ??? (לא ידוע מה יש בפוקדור האחרון שקיבל עדיין).
זארה – מדיצ'אם (מגה), לאקסריי, קאראקוסטה, מיסמגיוס.