בדומה למשחקים קודמים, גם כאן יש צוות מרושע שנפגוש מספר רב של פעמים במהלך המסע שלנו. הפעם זה צוות פלזמה. המטרה שלהם היא לשחרר את הפוקימונים מעבדות.
הפעם הראשונה שנפגוש אותם תהיה בעיר אקומולה, שם נפגוש את ג'טסיס, המנהיג של הצוות, נותן נאום על איך פוקימונים הם בעצם כלים וצריך לשחרר אותם. ברגע שהנאום יסתיים, מאמן בשם N יגיע, יציג את עצמו, ויאתגר אתכם לקרב.
 |
רמה: | 7 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Limber | |
| פורלוין | מתקפות: | Scratch Growl Assist |
המפגש הבא עם צוות פלזמה הוא בתוך חצר החלום. אתם תגיעו לשם על מנת לספק עשן חלום לפנל, ומהר מאוד אתם תראו שצוות פלזמה רוצים להשתמש במתקפה של מונה ושזו תופיע בחלומות של האנשים על מנת לשכנע אותם שלשחרר פוקימונים זה הרעיון הכי טוב. החיילים של צוות פלזמה יאתגרו אתכם לקרב. אחרי שתנצחו אותם, ג'טסיס יופיע ויצרח על החיילים על כך שהם נכשלו. כשהחיילים יעזבו, מושארנה תופיע ופנל תגיד שג'טסיס הלך מתוך חלום וזה קרה כי מושארנה ניסתה להגן על מונה.
כאשר תכנסו לדרך מספר 3, ואחרי הקרב מול צ'רן, ביאנקה וילדה צעירה יופיעו ויגידו שצוות פלזמה גנבו פוקימונים. הן יבקשו מכם לעזור להם. לכו לפתח של צינור המים התת קרקעי ושם תמצאו את צ'רן ואת החיילים של צוות פלזמה. תצטרכו לנצח אותם בקרב, ואז הם יעזבו. הם לא יתנו את הפוקימון הגנוב בשלב הזה.
המפגש הבא יהיה מיד לאחר הקרב מול לנורה בעיר נקרין. צוות פלזמה יגנבו את הראש של מאובן ממוזיאון נקרין, במטרה להחיות אותו כדי להוציא לפועל את התוכניות שלהם. כאשר הם יוצאים החוצה, לנורה ובורג יבקשו מכם להשיג את זה בחזרה. כאשר תעזבו, N יופיע ויאתגר אתכם לקרב.
 |
רמה: | 13 |
| סוגים: |   |
|
| יכולת: | Big Pecks | |
| פידוב | מתקפות: | Gust Growl Leer Quick Attack |
 |
רמה: | 13 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Swift Swim | |
| טימפול | מתקפות: | Growl Supersonic Round Bubblebeam |
 |
רמה: | 13 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Guts | |
| טימבור | מתקפות: | Leer Focus Energy Bide Low Kick |
אחרי שתנצחו את N, לכו מערבה ליער פינוויל, שם צוות פלזמה הקים מחנה במטרה להגן על עצם הדרקון שלהם. תצטרכו להביס את החיילים של צוות פלזמה בעודכם מפלסים את דרכיכם ביער, והאחרון יתן לכם את העצם המדוברת. את העצם אתם תתנו בחזרה למוזיאון של נקרין. אחרי שהם הובסו, הם יפנו את היער.
כאשר תגיעו לעיר קסטליה, תראו שבורג לא נמצא במכון. אתם תמצאו אותו במזח ביחד עם איריס וביאנקה מדברים על העובדה שצוות פלזמה נמצא באיזור והפוקימון של ביאנקה נגנב. לכו לבניין שמשמאל למכון של הפוקימונים ו3 חיילים של צוות פלזמה יאתגרו אתכם. נצחו אותם. בתוך הבניין, אתם תמצאו את ג'טסיס, רוד ואת ברוניוס. ג'טסיס יספר לכם שבכוונתם להחיות פוקימון דרקון, ורק אז להחזיר לביאנקה את הפוקימון שלה. הם יעזבו מיד לאחר מכן.
ברגע שתכנסו לעיר נימבסה, תתקלו בשני חיילים של צוות פלזמה מטרידים את האדם שמריץ את מרכז לטיפול יום. נצחו אותם והם יעזבו. האדם יתן לכם אופניים כאות תודה.
מדרום מזרח לעיר נימבסה, N יגיע וידבר אתכם שוב, ישאל אם אתם מחפשים את צוות פלזמה. הוא יוביל אתכם לפארק שעשועים ויגיד לכם שהנקודה הכי טובה לצפות בנעשה זה דרך הגלגל הענק. בזמן שתהיו על המתקן, N יגיד לכם שהוא מנהיג צוות פלזמה, והוא זה ששם את ג'טסיס כאיש הפוסטר במטרה להביא אנשים לשחרר את הפוקימונים שלהם. אחרי הרכיבה במתקן, הוא יאתגר אתכם לקרב.
 |
רמה: | 22 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Moxie | |
| סאנדייל | מתקפות: | Sand Tomb Assurance Mud-slap Embargo |
 |
רמה: | 22 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Hustle | |
| דארומאקה | מתקפות: | Headbutt Uproar Facade Fire Punch |
 |
רמה: | 22 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Shed Skin | |
| סקרגי | מתקפות: | Faint Attack Headbutt Swagger Brick Break |
 |
רמה: | 22 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Wonder Skin | |
| סיג'יליף | מתקפות: | Tailwind Whirlwind Psybeam Air Cutter |
אחרי שתנצחו אותו, הוא יגיד שהוא יהפוך להיות המאמן החזק ביותר, הוא יביס את האלוף והוא יגיע למצב שהוא יכול לשחרר הוראה ולהגיד לכולם לשחרר את הפוקימונים שלהם.
המפגש הבא יהיה בעיר דריפטוויל. כאשר תכנסו לעיר, צ'רן יספר לכם שהוא שמע שצוות פלזמה נמצא בעיר. תסתכלו מסביב, ותמצאו אותם בתא הקר, היכן שהם מעוללים את התוכניות שלהם. נצחו את החיילים שם, וקליי יופיע וייקח אותם משם. כאשר תגיעו למכון, תראו שקליי מתעמת עם ג'טסיס וזינזולין. ג'טסיס יגיד שהם רק מנסים לשחרר פוקימונים ממאמנים רשעים, אבל לקליי לא איכפת והוא מורה להם לעזוב את העיר, והם עושים זאת.
במערת צ'רצ'סטון, תמצאו קבוצה שנקראת "שלישיית הצללים", והיא מחכה לכם. בתחתית המדרגות תמצאו הרבה חיילים שמוכנים להילחם בכם. לקראת הסוף, אתם תלמדו שN גדל לצד פוקימונים. בסוף המערה, תמצאו את N והוא יאתגר אתכם לקרב, שיבהיר שהוא התחבר עם פוקימון אגדי והוא שחרר את כל הפוקימונים בסביבה.
 |
רמה: | 28 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Sturdy | |
| בולדור | מתקפות: | Mud-slap Iron Defense Smack Down Power Gem |
 |
רמה: | 28 |
| סוגים: |   |
|
| יכולת: | Iron Barbs | |
| פרוסיד | מתקפות: | Metal Claw Pin Missile Gyro Ball Iron Defense |
 |
רמה: | 28 |
| סוגים: |   |
|
| יכולת: | Compoundeyes | |
| ג'ולטיק | מתקפות: | Electroweb Bug Bite Gastro Acid Slash |
 |
רמה: | 28 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Plus | |
| קלינק | מתקפות: | Thundershock Gear Grind Bind Charge Beam |
כאשר תביסו את מכון העיר מיסטרלטון, N יופיע שוב ויגיד שהוא יכול לתקשר עם פוקימונים בצורה טובה יותר מכל שאר האנשים וזו תודות לדרך שבה הוא גדל. הוא גם יאמר שפוקימונים לא יכולים לשקר. הוא ישאל את הפוקימונים שלכם מה הם חושבים עליכם והוא יתמקד בהתחלתי שלכם, וזו יגיד לו שאתם ראויים לאמון. N יגיד שהלוואי שכל המאמנים יהיו כמוכם, ויחשבו שפוקימונים הם חברים ולא עבדים. הוא יגיד שצוות פלזמה מחפשים אחר האבנים על מנת להעיר את רשיראם וזקרום.
מאוחר יותר, אחרי שתנצחו את מכון העיר אייסירוס, שלישיית הצללים יופיעו ויגידו לכם שN מחכה במגדל ספירלת הדרקון. אתם, ברייסן וצ'רן תטפסו במגדל, ותלחמו בחיילי צוות פלזמה לאורך כל הדרך. יש הרבה מהם, אז תבואו מוכנים.
בפסגה, אתם תראו את N מעיר את זקרום/רשיראם (בהתאם לגרסה שאתם משחקים). הוא יגיד שפוקימונים יעזרו לו במשימה להיות מאמן פוקימונים חזק, והוא זה ישחרר את כל הפוקימונים. לאחר מכן, הוא יעוף משם.
אחרי זה, ביאנקה, צ'רן ואלדר יציעו לכם מה לעשות הלאה. אלדר יגיד שהאבנים יכולות להימצא בטירת השריד ויכול להיות שצוות פלזמה נמצאים שם. צ'רן ואלדר יצאו לדרך ואתם תלכו בעקבותם. בטירת השריד, אתם תפגשו את קיורו שיגיד לכם שג'טסיס מחכה לכם למטה. הילחמו בחיילים של צוות פלזמה עד שתראו את ג'טסיס ואת אלדר במרתף. ג'טסיס יגיד לכם שזה חסר טעם לעצור אותו מלהחיות את הפוקימון השני, מאחר והאבן לא נמצאת בהריסות. הוא יעזוב ותצטרכו לטפס בטירה. לכו לעיר נקרין ושם תקבלו את האבן הנותרת מהמוזיאון. כאשר תטיילו על הגשר של הרכבת התחתית, ג'טסיס יפגוש אתכם, יגיד לכם שהוא יודע שהאבן אצליכם ואתם לא יכולים לעצור אותו.
כאשר תכנסו לעיר אופלוסיד, תראו נאום נוסף מאת ג'טסיס. זה יהיה באותה תבנית כמו האחרים, אבל הפעם מצטרף לזה איום שהוא ישתמש בפוקימון דרקון אם הם לא יקשיבו לו. כאשר האנשים יעזבו, הם תוהים אם להיכנע או לא, ובעוד שאיריס/דריידן (תלוי באיזה גרסה אתם משחקים) יגידו שהוא משקר וילמדו אתכם אודות פוקימוני הדרקון.
בפעם הבאה שתפגשו את צוות פלזמה, זה לאחר האליט פור. אתם תכנסו לחדר האלוף, ותראו שN כבר ניצח את אלדר. N חולם לחיות את החלום שלו, הוא הולך לגג ואומר לכם להצטרף על מנת שתוכלו להילחם ולראות של מי הרעיונות הם נכונים יותר. כאשר תלכו לטירה, תפגשו 6 חכמים שירצו לתקוף אתכם. מנהיגי המכון של יונובה יגיעו, יתאחדו ויעסיקו אותם, בזמן שאתם עוברים את הטירה.
במהלך המסע שלכם בטירה, אתם תגלו שN גדל במקום הזה עם עוד 2 בנות, שמתיימרות להיות אלות, והן חשות שN מאוד מסוכן תודות לנאיביות שלו. אתם תתבקשו לטפס במעלה הטירה, ושלישיית הצללים יגידו לכם היכן נמצא החדר של N. בעת המפגש איתו, N יגיד שאתם הולכים כעת להילחם בו ולהפסיד, והוא קורא לזקרום/רשיראם (בהתאם לגרסה שאתם משחקים) לעזור לו. בנקודת זמן הזו, האבן שברשותכם תזהר, הפוקימון האגדי השני יופיע ותהיו חייבים ללכוד אותו. אחרי הלכידה, N ירפא אתכם, ואז יערך הקרב.
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Teravolt | |
| זקרום | מתקפות: | Zen Headbutt Giga Impact Light Screen Fusion Bolt |
 |
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Sturdy | |
| קאראקוסטה | מתקפות: | Aqua Jet Waterfall Stone Edge Crunch |
 |
רמה: | 50 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Ice Body | |
| ונילוקס | מתקפות: | Frost Breath Blizzard Hail Flash Cannon |
 |
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Defeatist | |
| ארקיאופס | מתקפות: | Dragon Claw Acrobatics Stone Edge Crunch |
 |
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Illusion | |
| זורוארק | מתקפות: | Night Slash Flamethrower Focus Blast Retaliate |
 |
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Plus | |
| קלינקלאנג | מתקפות: | Thunderbolt Flash Cannon Hyper Beam Metal Sound |
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Turboblaze | |
| רשיראם | מתקפות: | Extrasensory Hyper Beam Reflect Fusion Flare |
|
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Sturdy | |
| קאראקוסטה | מתקפות: | Aqua Jet Waterfall Stone Edge Crunch |
|
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Ice Body | |
| ונילוקס | מתקפות: | Frost Breath Blizzard Hail Flash Cannon |
|
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Defeatist | |
| ארקיאופס | מתקפות: | Dragon Claw Acrobatics Stone Edge Crunch |
|
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Illusion | |
| זורוארק | מתקפות: | Night Slash Flamethrower Focus Blast Retaliate |
|
רמה: | 50 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Plus | |
| קלינקלאנג | מתקפות: | Thunderbolt Flash Cannon Hyper Beam Metal Sound |
אחרי שתנצחו את N, ג'טסיס יופיע, יגיד שהוא תחמן את N כל הזמן הזה, והשחרור של פוקימונים לא הייתה המטרה בכלל של צוות פלזמה. המטרה היא שכולם ישחררו את הפוקימונים שלהם, כך שהוא יהיה מאמן הפוקימונים היחיד והוא יוכל לשלוט במחוז. הוא נוזף בN ומאתגר אתכם לקרב.
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: |  |
|
| יכולת: | Mummy | |
| קופאגריגוס | מתקפות: | Protect Shadow Ball Psychic Toxic |
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Reckless | |
| בופאלאנט | מתקפות: | Head Charge Wild Charge Earthquake Poison Jab |
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Defiant | |
| בישארפ | מתקפות: | Night Slash X-scissor Stone Edge Metal Burst |
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Levitate | |
| אלקטרוס | מתקפות: | Crunch Wild Charge Flamethrower Acrobatics |
 |
רמה: | 52 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Swift Swim | |
| סיסמיטוד | מתקפות: | Muddy Water Sludge Wave Earthquake Rain Dance |
 |
רמה: | 54 |
| סוגים: | |
|
| יכולת: | Levitate | |
| היידריגון | מתקפות: | Dragon Pulse Surf Fire Blast Focus Blast |
אחרי שהוא ינוצח, ג'טסיס ילקח על ידי צ'רן ואלדר, בזמן שN ואתם תשארו בטירה. הוא יגיד שהחלום שלכם הוא חזק יותר ויכול להיות שהדרך שלכם נכונה יותר. הוא יעזוב את האגדי שלו, ויבטיח שלא יכריח אנשים לעשות דברים שהם לא רוצים.
אז אתם תרדו מהטירה, ותפגשו למטה את לוקר מהמשטרה הבינלאומית ויש לו כמה שאלות על צוות פלזמה. הוא רוצה את עזרתכם למצוא, לאתר וללכוד את החכמים הנותרים. ניתן למצוא אותם בכל סדר.
החכם הראשון הוא רוד. הוא נמצא בדרך מספר 18, בסוף. הוא יספר לכם אודות צוות פלזמה ואז לוקר יגיע ויעצור אותו. רוד יעניק לכם את המתקפה TM32.
החכם הבא יהיה בחצר החלום. אחרי שתלחמו במאמנים שבמרתף, תמצאו את גורם. הוא יספר לכם על צוות פלזמה, ויעניק לכם את המתקפה TM75. לוקר יעצור גם אותו.
בטירת השריד יפתח איזור חדש, ושם יש מבוך. תעברו את המבוך, תמצאו חייל של צוות פלזמה שבורח ובסוף תמצאו את ריוקו בקדמת הדלת. הוא יספר לכם עוד על צוות פלזמה, יעניק לכם את המתקפה TM04 ולוקר יעצור אותו.
בתוך התא הקר, תגלו שזינזולין מצא שם מקלט לאור מה שהוא עבר. שוב, תשמעו קצת סיפור רקע, תקבלו TM01 ולוקר יגיע לעצור אותו.
הבא בתור יתחבא במערת צ'רצ'סטון, ושמו ברוניוס. עם זאת, לפני שתדברו איתו, שני חיילים יגיעו ויגנו עליו. הילחמו בהם, נצחו אותם ורק אז ברוניוס ידבר. לוקר יגיע ויעצור אותו, לא לפני שתקבלו TM69.
החכם האחרון יהיה בדרך מספר 14. תצטרכו גם שחייה וגם מפל על מנת להגיע אליו. כאשר תגיעו אליו, הוא יספר לכם את מה שהאחרים טרם סיפרו לכם, ואז לוקר יגיע לעצור אותו. בסוף גם תקבלו את המתקפה TM08.