פוקימון X ופוקימון Y התקבלו באופן כללי בצורה חיובית, עם ביקורות חיוביות, לפי Metacritic. הם השיגו את המקומות ה13 וה15 בדירוגים הכי גבוהים למשחקי הקונסולה נינטנדו 3DS.
המגזין היפני "Weekly Famitsu" העניק למשחקים ציון כמעט מושלם ואת הפרס פלאטינה. לימים, אלו הפכו להיות המשחקים המדורגים מספר 2 אצל המגזין, מיד לאחר "שחור ולבן".
המשחקים קיבלו שבחים רבים על המעבר לגרפיקה תלת מימדית, ויזואליות מתקדמת, ושילוב נכון של משחק אונליין.
"Edge magazine" ציין שהמשחק "עשיר בפרטים ובטעם, מההוד המלכותי של האזורים העשירים ועד למלון רעוע וגדל פרא שאורחיו היחידים הם פאנקיסטים ישובים".
סימון פרקין מ"Eurogamer", החמיא למשחק ואמר שהוא "חלק וטבעי", בכל הנוגע למעבר לתלת מימד, והמשיך "פוקימון XY הם הביטוי הטוב ביותר עד כה לחזונו של סאטושי טאג'ירי".
מאט קיימן מה"The Observer", שיבח את המכניקות של המשחק, את הגרפיקה ואת השיפור באודיו וקבע שהמשחקים הם "שיא הסדרה".
ג'וסה אוטרו מ"IGN" כתב "המשחק עשה מעבר מוצלח לעולם התלת מימד", תוך כדי שהוא משתמש במילים כמו "זה יותר חברתי, יפה ואסטרטגי מתמיד". הוא המשיך בביקורת שלו: "בהשוואה לקודמיו, רבים מהמודלים והאנימציות התלת-ממדיים של הפוקימונים החדשים משלימים את האישיות של המינים השונים, ושילוב התפתחות המגה היא מרשימה באופן דומה". הוא גם שיבח את הקצב המהיר יותר של המשחק המוקדם, כאשר X ו-Y סיפקו מגוון רחב של פוקימונים לתפיסה בתוך השעה הראשונה של המשחק.
קייל היליארד מה"Game Informer" כתב ביקורת מעורבת, אך ברובה חיובית: "הם יצרו את הכל בצורה יותר מזמינה, אטרקטיבית וכייפית". לצד זה, הוא ציין שהמשחק לא שבר את התבנית שהשחקנים ציפו מהמותג.
ארנסט קאוואלי מ"Joystiq" שיבח את המשחקים, וכינה אותם "בלי תחרות, המשחקים הכי טובים בסדרה", והתייחס לעובדה שגם שחקנים ישנים וגם חדשים יכולים ליהנות מהמשחקים.
דין קופרמן מ"Nintendo World Report" כתב ביקורת יחסית חיובית על הגרפיקה, המוסיקה, הדמויות, והשינוי בקרבות, אבל לצד זה הוא ביקר את חוסר העקביות בהצגה באופן כללי ומצא את סוגי הקרבות החדשים לא כל כך מרגשים.
אחד המבקרים כתב "המוטו לתפוס את כולם עדיין נותר לא אפשרי גם אחרי כל הזמן הזה".
מגזין "Edge" כתב שהקסם הייחודי של הסדרה המקורית אבד בעדכונים הרבים שנערכו במשחקים והוא ביקר את הגרפיקה, קצב הפריימים והמודלים של התלת מימד.
לגבי מערכת חיפוש השחקנים (PSS), ולאור העובדה שהיא כעת קיימת בכל רגע נתון על מסך המגע, ומספקת בין היתר מעבר בין משחק בודד למשחק חברתי, הכולל החלפות, קרבות ואינטראקציה, זו זכתה לשבחים מופתיים כמעט על ידי כל מבקר. אחד מהמבקרים תיאר את זה כ"חוויה מחוברת לחלוטין, וזו בדיוק הדרך בה פוקימון אמור להישחק". אחר הכריז "מערכת ה-PSS גורמת לפוקימון X ו-Y להרגיש חדשים ומודרניים יותר באופן דרמטי", ושלישי שיבח את חיזוק הקשר בין המאמנים לפוקימונים שלהם.
בניגוד לצורה שבה התקבלו הצדדים הויזואליים של המשחק, הסיפור של המשחק התקבל בצורה גרועה. אוטרו תיאר את הסיפור ואישיות הדמויות כ"די מאכזבים עבור משחק תפקידים המיועד בעיקר לשחקן יחיד". מקלרוי תיאר את הסיפור כ"נוקשה ובעייתי". הילארד תיאר את זה כ"מוזר ומשעשע רק לעיתים רחוקות מאוד". פרקין תיאר את זה כסיפור "רזה ומאוד מלודרמטי, ומטיף בצורה צורמת מדי לעיתים קרובות". הפאזלים תוארו כמגושמים. הפריסה של אזור קאלוס עצמה תוארה כפשוטה באופן מאכזב עבור שחקנים שנהנים לחקור.
פוקימון X ופוקימון Y היו מועמדים למשחק הRPG הטוב ביותר והמשחק שמחזיקים בו ביד בטקס VGX Awards לשנת 2013, אבל הם לא זכו.
ב2014 המשחקים זכו בג'ויסטיק הזהב למשחק השנה בקטגוריית "משחק שמחזיקים בו ביד".
במהלך טקס D.I.C.E. Awards, מספר 17, אקדמיית האמנות האינטראקטיבית ומדעים העמידה את "פוקימון XY" למשחק השנה בקטגוריית "משחק שמחזיקים בו ביד" ומשחק השנה בקטגוריית "משחק תפקידים/משחק רב משתתפים".