בדומה לשלושת הדורות הקודמים, גם בדור ה4 יש בחירה בין שלושה פוקימונים התחלתיים בתחילת המסע. האופציות הן: צב העשב טרטוויג, קוף האש צ'ימצ'אר, ופינגווין המים פיפלאפ.
הבחירה בפוקימון היא חשובה משום שהיריב בארי לוקח את הפוקימון עם היתרון הסוגי על זה שלנו. לדוגמה, אם לקחנו את צב העשב טרטוויג, הוא יקח את קוף האש צ'ימצ'אר.
צריך גם לקחת בחשבון שטרטוויג מתפתח בסוף לטורטרה, שמתווסף לו הסוג אדמה. צ'ימצ'אר מתפתח לאינפרנייפ, שמתווסף לו הסוג לחימה. ופיפלאף מתפתח לאמפוליאון, שמתווסף לו הסוג מתכת.
מן הראוי לציין שהמנהיג הראשון שנפגוש הוא רוארק, מנהיג מכון אורבורג', והוא מתמחה בסוג אבן. כך שלבחור את צ'ימצ'אר יהיה מאתגר על ההתחלה, ואילו פיפלאפ וטרטוויג יצליחו להסתדר מולו יותר בקלות.